Ein Wildnisgebiet muss gemäß den Richtlinien der IUCN und zur räumlichen und zeitlichen Abgrenzung der geplanten und erlaubten Maßnahmen in Zonen eingeteilt werden. Grundlage für die Zonierung sind die Ergebnisse der Zustandserhebungen und die Entwicklungsmöglichkeiten, die erforderlichen Maßnahmen und die geplanten Nutzungen. Demzufolge unterscheiden wir im Wildnisgebiet Dürrenstein folgende Zonen:

Naturzone:

Die "Naturzone", in der keinerlei Maßnahmen mehr stattfinden (Ausnahme: die Wildstandsregulierung). Auch die Besucher können im Rahmen geführter Wanderungen Teile dieser Zone begehen. Ca. 85% des Wildnisgebietes gehören dieser Zone an.

Naturzone mit waldbaulichem Management:

Die "Naturzone mit waldbaulichem Management", in der zeitlich befristet sekundäre Fichtenforste in laubholzreichere Wälder umgewandelt werden. Weniger als 5% der Gesamtfläche des Wildnisgebietes müssen behandelt werden.

Managementzone Almweide:

In der "Managementzone Alm" und der "Managementzone Waldweide" ist die Beweidung aus Naturschutzgründen im bisherigen Umfang erlaubt. Viele seltene Pflanzen- und Insektenarten finden auf der Alm noch Lebensraum, ebenso z. B. das Birk- und das Alpenschneehuhn. Den gleichen Zweck erfüllt die "Managementzone Kalkrasen". Diese maßgeblich anthropogen beeinflussten Lebensräume stellen ca. 10% des Schutzgebietes dar.

Zone mit wildökologischem Management:

Natürliche Räuber wie Braunbär, Luchs oder Steinadler kommen im Wildnisgebiet nur vereinzelt vor. Zur Sicherung des natürlichen Wald-Wild-Gefüges ist es daher notwendig, die Schalenwildarten Rot-, Reh- und Gamswild nach ökologischen Gesichtspunkten zu regulieren. Deshalb wurde im Wildnisgebiet die Zone mit "wildökologischem Management" ausgewiesen. Diese Fläche umfasst ca. 25% des gesamten Wildnisgebietes.